Pada tahun 1949, kongres Muslimin Indonesia diadakan di Yogyakarta. KH. Imam Zarkasy turut hadir pada kesempatan itu. Beliau berangkat dengan menggunakan kereta uap,  melewati Surabaya demi keamanan. Beliau berangkat ditemani Mukari.

Beliau bertemu dengan 6 orang peserta lain dari Kalimantan, yang dipimpin oleh H. Idham Cholid, alumni Gontor. Ketika Kongres Muslimin dilaksanakan, banyak alumni Gontor yang menjadi wakil daerah dan organisasi. Pada pertemuan itu, terjadi jalinan keluarga yang sangat erat dan rasa tunggal guru yang kuat, apalagi banyak diantara alumni Pondok Modern yang sudah beberapa lama saling tidak bertemu.